Als spezielles Verfahren gilt das Schwarzräuchern, welches vor allem im bayrischen Raum, im Schwarzwald und Teilen Österreichs anzutreffen ist.
Dabei wird unter Verwendung von bestimmten Hölzern wie Kienholz, Tannenreisig und Wacholderzweigen eine extreme Dunkelfärbung des Produktes angestrebt. Bei der Schwarzfärbung ist sowohl ein Schnell-, als auch ein Langzeitverfahren üblich.
Raucharoma und Haltbarkeit werden durch Langzeiträucherung bei Temperaturen zwischen 20-35°C erzielt, die sich über einen Zeitraum von einigen Tagen bis hin zu mehreren Wochen erstrecken kann. Höhere Temperaturen gehen zu Lasten der Haltbarkeit.
Schwarzgeräucherte Produkte sind nicht mit geschwärzten Produkten zu verwechseln. Letztere werden im Schnellverfahren einem stark rußenden Rauch ausgesetzt. Die Schwärzung ist somit nur oberflächlich und hat einen mangelhaften Konservierungseffekt sowie ein minderwertiges Raucharoma.